Для сохранения удивительной природы архипелага в 1993 году на островах был создан Командорский природный заповедник, вошедший в 2002 году в систему международных резерватов и получивший статус биосферного заповедника.
Заповедник «Командорский» входит в международную систему биосферных резерватов, в программу ЮНЕСКО «Человек и биосфера».
Согласно Федеральному закону Российской Федерации "Об особо охраняемых природных территориях" от 14.03.1995 г., в заповеднике выделены участки (заповедные ядра), на которых исключается всякое вмешательство человека в природные процессы. На территории и в акватории заповедника установлен дифференцированный режим его охраны, защиты и использования с учётом местных природных, этнографических и социальных особенностей, согласно которому выделены заповедные ядра и участки биосферного полигона (буферные зоны).
Пребывание на территории заповедника посторонних лиц, не являющихся его работниками или должностными лицами МПР России, допускается только при наличии у них разрешений МПР России или администрации заповедника.
Командорские острова – это и ключевая орнитологическая территория. Здесь зарегистрировано 203 вида птиц. Крупнейшие колонии морских птиц расположены в бухте Никольская: о. Арий Камень и о. Топорков.
Эти островки получили названия от наиболее массовых видов птиц: кайров и топориков. «Ара» по-алеутски – кайра. Командорская популяция глупыша самая крупная в Северной Пацифике. А популяция красноногой говорушки (16,2 тысячи пар) является одной из четырёх, существующих в мире.
Здесь нет высоких деревьев, на Командорах множество видов кустарников и кустарничков. Лишь в поймах речушек можно увидеть заросли ивы. Во все речки и ручьи острова Беринга идут на нерест дальневосточные лососи. Крупнейшим нерестилищем нерки является озеро Саранное. Наиболее интересно для путешественника Северо-Западное лежбище. Оно разнообразнее по видовому составу и доступнее, поскольку к нему круглый год имеется дорога протяжённостью 25 километров от с. Никольское. Можно посетить и остров Топорков, расположенный в трёх километрах от посёлка, чтобы понаблюдать за крупнейшей колонией топориков, серокрылых чаек, бакланов-говорушек. Здесь же можно увидеть каланов и островных тюленей-антуров.
